Abcesele pulmonare se pot constitui şi pe alte căi, fără a fi neapărat urmarea unor pneumonii, chiar ignorate de pacient. Abcesele se clasifică în primare sau secundare, funcţie de preexistenta sau nu a altor modificări pe teritoriul respectiv. Peste 90% dintre abcese sunt cu floră anaerobă (germeni care nu au nevoie de oxigen pentru creştere şi dezvoltare) sau cu floră mixtă (aerobă şi anaerobă).
Cele primitive pot fi de origine hematogenă, ca embolii septice în cursul unor afecţiuni septice la distanţă, cum ar fi tromboflebitele, abcesele sau cangrenele – cel mai des la membrelor inferioare – mai ales la suferinzi de diabet (dar pot avea şi alte localizări) – sau chiar în cursul unor septicemii netratate sau tratate cu întârziere. Alteori este vorba de infecţia aerogenă, prin aspirarea din cavitatea bucală de floră anaerobă.
Abcesele secundare apar datorită unor modificări pulmonare, care împiedică mecanismele normale de apărare (obstacole pe bronşii, cavităţi de diferite tipuri -caverne, chiste, cancer escavat).